Rejs z Giżycka do Mikołajek łączy walory widokowe z poznawczymi – trasa wodna, łącząca dwa najbardziej znane porty szlaku Wielkich Jezior Mazurskich wiedzie w znacznej mierze poprzez system kanałów, których budowa w latach 1765 – 1772, w oparciu o projekty polskich arian w służbie pruskiej – Józefa Naronowicza-Narońskiego oraz Samuela i Jana Suchodolców, udrożniła mazurską drogę wodną dla żeglugi. Rejs z Giżycka do Mikołajek trwa około trzech godzin, ale można się wybrać również na dłuższą wyprawę tam i z powrotem, z dogodną przerwą na zwiedzanie Mikołajek, lub w opcjonalnych konfiguracjach, związanych z przystankami przy kejach portowych w Rydzewie i Szymonce (szczegóły znajdziecie Państwo w rozkładzie i cenniku rejsów).
Wypływający z portu w Giżycku statek przepływa pod kładką widokową i porusza się torem wodnym pomiędzy basenem portowym giżyckiej Ekomariny, a północnym nabrzeżem mola spacerowego, po czym wypływa na otwarte wody jeziora Niegocin. Niegocin to trzecie, co do wielkości, jezioro na szlaku WJM, którego wody wypełniają powierzchnię ponad 26 km2, a jego głębokość sięga blisko 40 m. W dawnych wiekach nosiło staropruską nazwę – Nogothin bądź Newotin (różne zapisy w średniowiecznych kronikach), za czasów niemieckich nosiło nazwę – Löwentinsee, a Mazurzy zwali je – Lewientynem. Źródła historyczne nad jego wodami lokowały warowną siedzibę jedynego znanego z imienia wodza staropruskich Galindów – Ysegupsa, zaś legenda umiejscawia na wzgórzu u północno-zachodnich brzegów jeziora męczeńską śmierć św. Brunona (1009 r.) z rąk pogańskich Prusów.
Statek przecina torem wodnym środek Niegocina, po prawej burcie mijając ulokowane wzdłuż dość odległego brzegu przystanie i zabudowania letniskowej wsi Wilkasy, zbliżając się do wąskiego przesmyku, który oddziela główny akwen Niegocina od jego południowej zatoki, zwanej Jeziorem Bocznym. Ciekawostką jest, iż podczas zmagań pierwszowojennych w sierpniu i wrześniu 1914 r. Niemcy zbudowali na tym przesmyku most pontonowy. Po lewej burcie rozciągają się zabudowania dawnej rybackiej wsi Rydzewo z rzucającą się w oczy wieżą XVI-wiecznego kościoła, ulokowanego na cyplu rozdzielającym jeziora. W Rydzewie statek przybija do portowej kei i kto zechce może tutaj wysiąść (albo wsiąść), aby pozwiedzać tę interesującą miejscowość pełną przystani i tawern oraz zabytków wiejskiej architektury mazurskiej.
Natomiast po drugiej, zachodniej stronie dość wąskiego (w najszerszym miejscu – 900 m) Jeziora Bocznego rozciągają się wzdłuż brzegu zabudowania wsi Bogaczewo. Na Jeziorze Bocznym archeolodzy odkryli wiele pozostałości staropruskich, nawodnych osad palowo-rusztowych, zaś na pobliskim Półwyspie Kula zlokalizowano rozległe grodzisko i cmentarzysko z tzw. okresu wpływów rzymskich. Dzięki tutejszym, bardzo obfitym i charakterystycznym znaleziskom, archeolodzy wyodrębnili prehistoryczną kulturę, którą od nazwy wsi określili mianem – kultury bogaczewskiej.
U południowego krańca Jeziora Bocznego statek wpływa na krótki, stumetrowy Kanał Kula i przepływając pod mostem drogowym wypływa na Jezioro Jagodne. Żeglarze ów kanał określają mianem „Mazurskiego Równika”, bowiem tutaj przebiega umowny wododział (praktycznie ulega on przesunięciom w zależności od stanu wód i warunków atmosferycznych) między dorzeczami Wisły i Pregoły. Wody jezior, położonych na północ od Kanału Kula, spływają do Pregoły, a te na południe od niego – do Wisły. Udekorowane trzema malowniczymi wyspami Jezioro Jagodne, to blisko 10 km2 wodnej przestrzeni, wraz z południowymi zatokami: Jeziorem Szymoneckim i Górkłem. Nazwa jeziora wcale nie pochodzi od jagód, jakby się wydawało. Jej źródłosłów związany jest ze staropruskim imieniem – Jagotthe i pochodzi najprawdopodobniej od jakiegoś miejscowego wodza Galindów. Został jedynie tak trywialnie spolszczony. Lewą burtą statek mija zabudowania wsi Jagodne Małe, która w XVII w. stanowiła dzierżawę polskiego poety barokowego i arianina – Zbigniewa Morsztyna. Na zalesionym wzgórzu można zauważyć podwójny obelisk grobowca ostatniego, niemieckiego właściciela majątku w Jagodnym Małym – Rudolfa Iwana. Natomiast po prawej burcie rozciągają się malowniczo wzdłuż brzegu zabudowania dawnych wsi rybackich – Kozina i Prażmowa. U południowego krańca Jeziora Jagodne, które stanowi zatokę o nazwie – Jezioro Szymoneckie, wyłaniają się zabudowania wsi Szymonka.
Szymonka to wieś, położona przy szosie Giżycko – Mikołajki, wyróżniająca się charakterystyczną, neogotycką bryłą kościoła. W czasie I wojny światowej o wieś toczyły się krwawe boje niemiecko-rosyjskie, czego pamiątką jest pomnik poległych przed kościołem. Tutaj statek wpływa na Kanał Szymoński, liczący 2,36 km długości. Za mostem drogowym zlokalizowana jest w kanale keja portowa, gdzie można wysiąść (lub wsiąść), aby pozwiedzać okolicę – warte uwagi są pozostałości fortyfikacji pierwszowojennych w okolicy kanału oraz liczna kolonia czapli siwej i białej na Bagnie Łajty.
Z Kanału Szymońskiego statek wypływa na niewielkie jezioro Szymon (niespełna 2 km2 powierzchni), będące ulubionym tarliskiem wielu gatunków ryb, po czym wpływa w blisko dwukilometrowy Kanał Mioduński, który przyjął nazwę od pobliskiej wsi – Mioduńskie. Z Kanału Mioduńskiego wypływamy na zarośnięte trzcinami i inną wodną roślinnością „oczko wodne” o powierzchni 18 ha, które nosi szumną nazwę – Kotek Wielki. To małe jeziorko było niegdyś fragmentem dużego, płytkiego jeziora Łajty, które na przestrzeni wieków uległo eutrofizacji i zamieniło się w torfowisko. Obecnie jest to siedlisko wielu gatunków ptaków wodnych (m.in. czapli siwych i białych, perkozów, dzikich gęsi, bąków), które można zaobserwować z pokładu statku.
Po lewej burcie mijamy ukryty w trzcinach port stanicy wodnej „Zielony Lasek” z dworkiem z początków XX w. na skarpie brzegowej. Od miejscowości Zielony Lasek (po niemiecku – Grünwalde) kolejny kanał nosi zwyczajową nazwę – Kanał Grunwaldzki, choć jego oficjalna nazwa brzmi – Kanał Lelecki (Lelek to inna miejscowość w pobliżu). Jest to krótki kanał o długości zaledwie 470 m, z którego statek wypływa na malownicze jezioro Tałtowisko, które jest największym jeziorem „strefy kanałowej” od Szymonki, obejmującym swoją powierzchnią 3,27 km2. Statek przecina szerokość jeziora Tałtowisko, wpływając na ostatni kanał w drodze do Mikołajek – Kanał Tałcki i po przepłynięciu 1,62 km wypływa na jezioro Tałty.
Jezioro Tałty, łączące się na północy z Jeziorem Ryńskim, jest fragmentem potężnej rynny jeziornej o powierzchni 18,30 km2. W drodze do Mikołajek statek przecina jedynie południową część jeziora, ale to i tak wystarczy aby zachwycić się krajobrazem wyniosłych, morenowych brzegów. Po prawej burcie miniemy piętrzące się na skarpie brzegowej kompleksy hotelowe, co jest znakiem, iż zbliżamy się już do Mikołajek.
Niebawem pojawi się iglica wieży mikołajskiego kościoła ewangelickiego i most kolejowy nieeksploatowanej już pasażersko linii Olsztyn – Mrągowo – Orzysz – Ełk. Następnie statek przepływa pod mostem drogowym, gdzie trzeba koniecznie pozdrowić pływającego przy filarze „Króla Sielaw”. Jesteśmy już na Jeziorze Mikołajskim – statek przepływa pod kładką pieszą, przerzuconą nad jeziornym przewężeniem w centrum miasteczka, i za chwilę rejs zakończy się przy nabrzeżu przystani w Mikołajkach.