Niemcy, wycofujący się w 1945 r. z Mazur pod naporem Armii Czerwonej, zniszczyli mosty i urządzenie na szlaku żeglownym oraz zatopili większość statków i sprzętu pływającego. Po ukonstytuowaniu się administracji polskiej, wydobyciem zatopionych jednostek i udrożnieniem szlaku żeglownego WJM zajął się Państwowy Zarząd Wodny w Giżycku pod kierownictwem Antoniego Arkuszewskiego. Na potrzeby remontowe wydobytych z wody jednostek przejęto dawną stocznię Ericha Schulza wraz z basenem portowym przy Kanale Giżyckim. Dawny właściciel – Erich Schulz pracował w niej jako zwykły robotnik do 1947 r., kiedy to wydalono go do Niemiec. Od 1947 r. wydobyte i wyremontowane statki rozpoczęły regularne rejsy po Wielkich Jeziorach Mazurskich pod banderą Warszawskiej Ekspozytury „Żeglugi na Wiśle”. W tych pionierskich czasach, kapitanami wyremontowanych jednostek poniemieckich, które pływały pod nowymi nazwami, m.in.: „Kaszub”, „Łowiczanka”, „Kryniczanka”, „Świtezianka”, „Chopin”, „Krakowiak”, „Radomianka” i „Hanka Sawicka”, byli: Feliks Grasiewicz, Bolesław Rutkowski, Jan Modrzejewski, Jan Judziewicz, Stanisław Kijek, Teodor Rutkowski i Fryderyk Tyburski. Wspomagali ich mechanicy:  Bolesław Zdanowicz, Stanisław Krysiuk, Antoni Jurewicz, Alfred Dehn i Stanisław Gulbicki.

W 1957 r. powstaje Przedsiębiorstwo Państwowe „Żegluga Mazurska”, które do lat 90. XX w. było monopolistą w dziedzinie żeglugi pasażerskiej nie tylko na Wielkich Jeziorach Mazurskich. Już w 1957 r. utworzono ekspozyturę Żeglugi Mazurskiej w Augustowie, realizującą rejsy pasażerskie po Pojezierzu Augustowskim, zaś w 1978 r. powstała ekspozytura ŻM w Ostródzie, obsługująca żeglugę pasażerską po Jezioraku i Kanale Ostródzko-Elbląskim. W latach 60. wysłużone statki poniemieckie uzupełniono nowymi, dużymi jednostkami, zaprojektowanymi we Wrocławiu, a zbudowanymi w stoczniach w Tczewie i Gdańsku. Są to eksploatowane do dzisiaj statki typu SPDJ: „Wigry”, „Bełdany”, „Mamry”, Śniardwy”, „Tałty” i „Roś”.

Od lat 60. do dzisiaj eksploatowane są przez Żeglugę Mazurską statki pasażerskie typu SPDJ ze stoczni w Tczewie i Gdańsku (fot. W.M. Darski)

W latach 70. Żegluga Mazurska przymierzyła się do eksploatacji wodolotów produkcji radzieckiej, które jednak nie zdały na WJM egzaminu (fot. Jan Olszewski)

Lata 70. to z kolei eksperyment z wodolotami pasażerskimi produkcji radzieckiej, których eksploatacja okazała się jednak kompletnie nieopłacalna. Jeden z nich cumował później na stałe w basenie portowym ŻM w Giżycku jako… salon gier automatycznych. Ostatnia dekada XX w. przyniosła prywatyzację przedsiębiorstwa Żegluga Mazurska, które 1 marca 1999 r. przekształciło się w firmę „Żegluga Mazurska” Sp. z o.o. ŻM pozostaje nadal największym armatorem pasażerskim na Wielkich Jeziorach Mazurskich (nie działa już na Pojezierzu Augustowskim i Pojezierzu Ostródzkim), dysponując rozwiniętą siecią portów i przystani (Giżycko, Mikołajki, Kamień, Ruciane, Ryn, Węgorzewo i Rydzewo) oraz flotą 10 statków („Bełdany”, „Dargin”, „Roś”, „Śniardwy”, „Tałty”, „Wigry”, „Niegocin”, „Kisajno”, „Derkacz” i „Kormoran”), mogących wziąć na pokład  ok. 1100 pasażerów.

W latach 90. w giżyckiej stoczni remontowej ŻM przerabiano też na statki pasażerskie holowniki-pchacze (stąd charakterystyczny dziób statku) (fot. W.M. Darski)