Biała flota Żeglugi Mazurskiej cumuje w kilku portach, zlokalizowanych w miejscowościach na całym szlaku Wielkich Jezior Mazurskich. Główną, macierzystą bazą statków ŻM jest – port w Giżycku. Pierwotnie Żegluga Mazurska korzystała z poniemieckiej przystani, zlokalizowanej w ujściu Kanału Giżyckiego do jeziora Niegocin. W roku 1968 nad Niegocinem został wybudowany obszerny basen portowy, chroniony od strony otwartego jeziora przez kamienno-cementowe molo. Powstał też pawilon kapitanatu portowego. W położonym centralnie na szlaku WJM Giżycku znajduje się również baza remontowa ŻM wraz z obszernym basenem stoczniowym z wyjściem na Kanał Giżycki, gdzie statki zimują po sezonie żeglugowym.

Port Żeglugi Mazurskiej w Giżycku (fot. W.M. Darski)

Statki Żeglugi Mazurskiej korzystają też z innych portów, położonych w newralgicznych częściach szlaku WJM. Własne nabrzeża i kapitanaty posiadają: przystań w Mikołajkach nad Jeziorem Mikołajskim, przystań w Rucianym-Nidzie nad jeziorem Guzianka Wielka oraz zlokalizowana w rozlewisku uchodzącej z jeziora Mamry rzeki Węgorapy – przystań w Węgorzewie. Żegluga Mazurska dysponuje również umocnionymi kejami portowymi w Rynie nad Jeziorem Ryńskim, w Rydzewie nad Jeziorem Bocznym, w Szymonce nad Kanałem Szymońskim oraz w Kamieniu nad jeziorem Bełdany, gdzie mogą przybijać statki, realizujące rejsy lub zamówienia czarterowe.

Przystań Żeglugi Mazurskiej w Mikołajkach (fot. W.M. Darski)

Zorganizowana w ten sposób sieć infrastruktury portowej pozwala Żegludze Mazurskiej realizować bogaty i dogodny dla pasażerów program rejsowy, obejmujący cały szlak Wielkich Jezior Mazurskich.

Baza remontowa ŻM nad Kanałem Giżyckim w Giżycku (fot. W.M. Darski)